帝国を倒した後、旅立ったアカメは、遙か東方の国ワコクにたどり着く。戦乱の続くその国では、ヒノワという少女が乱世統一を目指し出陣しようとしていた。ヒノワの志、そして温かさに触れたアカメは、彼女と共に征くことを決意する……。「アカメが斬る！」のタカヒロによる、戦国統一を目指す壮大なる戦記ファンタジー開幕!!

科学技術の粋を集め、超能力開発が進められる学園都市。一見すると平和で華やかなこの街の裏側には、「暗部」と呼ばれる者たちが存在した。「アイテム」のコードネームで知られる少女たちもその一部で、超能力者（レベル５）である麦野沈利を筆頭に各分野のスペシャリストで構成される精鋭部隊だ。その「アイテム」にひとりの新メンバーが加入したことを機に、彼女たちはこの街の地下で蠢く陰謀に巻き込まれていくのだが……。