『３×３ＥＹＥＳ<サザンアイズ>』高田裕三が描く、新世紀のボーイ・ミーツ・ガール。 テロリスト“アンバック”によって国連から「巨大聖櫃（ヘヴィアーク）」二基が強奪された。 「巨大聖櫃」に眠る「地球外機甲化ＡＩシュネルギア」を起動する適合者として選ばれた高校生の二ノ宮シロは、同じくシュネルギアを操る国連のパイロットの少女・ブランカと激突する―――。 与えられた運命を壊すための二人の戦いの旅が、ここから始まった―――！

各国首脳との会談や、武闘大会、技術発表会に地下迷宮のお披露目と 盛り沢山な内容の開国祭を無事に終え、穏やかな日常が戻ってきた魔国連邦(テンペスト)。 そんな中、「我も獣魔術を開発しようと思う」とヴェルドラが言い始め、 新魔法の開発に興味を抱いたリムル、そしてヒナタを加えた3人で魔法の聖地・魔塔へ向かうこととなり―――？