人類の存続をかけて今、姉弟ふたりに希望は委ねられた…　未知の侵略者・イドラに脅かされるニューヨーク。事故で両足の自由を失い、姉アンナと共に生活する少年イリヤは、唯一対抗出来る対イドラ生体兵器「アルカナ」の操縦者に志願する。だがそれは、ふたりの過酷な戦いの始まりだった…。