オスカー・オルクス――彼は異常なまでの才能を持つ錬成師。 その才能をひた隠し、平穏な日常を過ごしていた。 ミレディ・ライセン――彼女は神代魔法の担い手にして、“処刑人”一族の末裔。 そして、世界を変える意志を抱く者であった。 「やっと見つけた――」 二人が出逢った瞬間、神に抗う者たちの運命が廻り始める!! これは“ハジメ”に至る最強の系譜――その始まりの物語。

処はエド城下町。 くノ一・花房琉璃は、妹・紫の治療費を稼ぐため殺し屋稼業を営んでいるが、いつも失敗続き。 そんな折、成功報酬十万両の依頼が届くも、 その内容はなんと、時のエド幕府将軍・徳山天頼の暗殺。 琉璃は覚悟を決め、依頼に挑むことに。 しかし、天才カラクリ技師にして冷酷無慈悲な独裁者と称される将軍の居城・“エド城”にはありとあらゆる罠が仕掛けられており……!?