怪獣ギャオスが東京に襲来し、それに対峙するように現れた大怪獣ガメラ――！ 世界が怪獣により大混乱に陥る時より10万年前、 高度の科学力で栄華を極めるも、 一切の痕跡を残さず歴史の闇に消えた文明があった。 数百年にも及ぶ戦争と人口爆発、滅亡の淵で生み出された異形の生物「怪獣」、 怪獣はある少年を悲劇に導き、狂気の科学者へと変貌させる――。