かつて、冬木と呼ばれる街では七人の魔術師と英霊たちによる聖杯戦争が執り行われていた。だが、第二次世界大戦の混乱に乗じて、とある魔術師が聖杯を強奪。 数十年が経ち、その聖杯を象徴(シンボル)に掲げたユグドミレニア一族は魔術協会からの離反、組織の独立を宣言。怒れる魔術協会は刺客を送り込むが、彼らが召喚したサーヴァントによって返り討ちに遭う。 サーヴァントに対抗するにはサーヴァント。聖杯戦争のシステムが変更され、七騎対七騎という空前絶後の規模の戦争――聖杯大戦が勃発。 一方、聖杯大戦の審判として十五人目のサーヴァント――ジャンヌ・ダルクが召喚される。彼女は自分が召喚されたことへの疑念を抱きながらも、舞台となる街トゥリファスへと赴くが……。