クラスメイトからの黙殺。幼馴染とのすれ違い。そんな空虚な日々を送っていた森崎明日香の身にある日、不吉な予兆が舞い込む…。夜の12時、気が付くと明日香を含む6人の生徒は学校の礼拝堂に集められていた！　終われぬ悪夢が蘇る…。もう一つの『カラダ探し』開幕!!

新時代「感染」サバイバル！　都内で突如発生した、謎の感染症――。厚生労働省職員の降旗は、感染症研究所の都築と共に原因を探ることに。次々と感染が拡大していく一方で、地下鉄構内では連続殺人の疑いが囁かれ始める。果たして降旗らは、並走する事件の真相を突き止め人類絶滅の危機から東京の街を救うことができるのか!!