ジオンによる独立戦争開戦から11か月――一年戦争終盤の物語。ジオン占領下にある重要資源拠点の奪還作戦（オデッサ作戦）で大勝した連邦軍は一気に攻勢をかけるべく、本格的なモビルスーツ部隊の編成に動き出す。しかし、そのV作戦を成功させ、量産機ジムの投入を始めた連邦軍にとって、モビルスーツは未知数の新兵器。運用のノウハウをまったく持っていなかった。 そこで発足されたのが、実戦データを収集するためのMS実験部隊――第11独立機械化混成部隊、通称モルモット隊である。配属されたユウ・カジマはジムのパイロットとなり、仲間たちと共に戦場を駆け巡るが、ある任務で謎の蒼いジムと遭遇する…！ 1996年にバンダイ（現バンダイナムコエンターテインメント）より発売された“ガンダム外伝”３部作、「THE BLUE DESTINY」をコミカライズ！　豪華スタッフにより、新たに生まれ変わった「ザ・ブルー・ディスティニー」！！

新たに紡がれる「一年戦争」悲哀の戦記──。 ジオン兵“フラナガン・ブーン”は敬愛するガルマ・ザビ大佐のもとで訓練に励むも、そんな矢先に“連邦の白い悪魔”ことガンダムが現れて……。 アニメ『機動戦士ガンダム』の名エピソード「大西洋、血に染めて」（第28話）に登場したフラナガン・ブーンの目線で描く新たな一年戦争、開幕！