地上に住む人々が“エデン”と呼んであがめているふたつの天上都市ユルガハとヤヌエス。少年ヨルンはユルガハで生まれたが、幼い時に母と生き別れ、地上都市の農村で育てられていた。しかしある日、“エデン”に戻ることを夢見るヨルンの元に、天から少女が落ちてきた!?　さらに、少女・エリシスと出会ったヨルンをエデンからの襲撃者が狙い始めた。実はヨルンは“神殺し”と呼ばれる一族の末裔で、エデンにとって脅威となる存在だったのだ。

年前、巨神族と人類の存亡をかけた戦いが人知れずあった。姫子の姉・羽華とその仲間たちは神に選ばれた戦士・葬送姫(ワルキューレ)となり、命と引き換えにその戦いを終わらせた。そして現在、女子高生となった姫子の前に再び巨神族が現れ……!?