魔法科高校一年生としての深雪たちの日々も、終盤にさしかかった二〇九六年一月。雫は交換留学生として、ひとりＵＳＮＡ（北アメリカ大陸合衆国）へと旅立つ。代わりにＵＳＮＡから一高へとやってくるのはアンジェリーナ＝クドウ＝シールズという名の可憐な少女。しかしその正体は特殊部隊スターズを率いる戦略級魔法師、アンジー・シリウスだった。彼女の目的は、「灼熱のハロウィン」を引き起こした魔法師を突き止めること。そして、その容疑者リストには司波達也と深雪の名があがっていた……。

二〇九七年三月。イギリスが誇る戦略級魔法師、ウィリアム・マクロードはオーストラリア軍と提携し、日本を標的とした作戦を進めていた。一方、達也と深雪は四葉真夜から呼び出しを受け、沖縄に行くことを依頼される。表向きは、五年前に起こった沖縄侵攻事件の慰霊祭に十師族の公務として参加するため。しかし真の目的は、人工島の竣工記念パーティーを狙ったテロ計画を止めることにあった。南洋の小島を舞台に、複数の思惑が交差する大事件がいま始まりつつあった……。

【深雪の婚約に、異議あり！】 魔法界に公表された、司波深雪の四葉継承と婚約。しかし、十師族の一条家から異議が申し立てられる。一方、魔法科高校では、素性を隠していた司波兄妹を敬遠する空気が流れ、達也と深雪は孤立してゆく……。二人の新たな関係性を描いた、大人気エピソードを新鋭・竹田羽角がコミック化！

達也たちにとって二度目の九校戦は、突然発表された新種目への対応で各校とも大騒ぎに！　だが、その裏では十師族の一つ・九島家による新たな陰謀が胎動していた……!!